1334年（建武元年）に、日興上人の高弟・宰相阿闍梨日郷が、小泉蓮蔵坊(小泉久遠寺)を創建したのが始まりとされています。

小泉久遠寺(くおんじ)は日蓮宗の寺院で、日蓮上人高弟六老僧である日興上人の法脈を継承する富士門流に属し、同門流の5つの有力本山である富士五山（ふじござん）北山本門寺、西山本門寺、大石寺、小泉久遠寺、下条妙蓮寺のひとつに数えられていました。

1298年(永仁６年)に、日興上人が上野の地頭南条時光、北山の地頭石川孫三郎能忠の援助を得て開基しました。

北山本門寺は、重須本門寺とも称される日蓮宗の寺院で、日蓮上人の高弟六老僧である日興上人の法脈を継承した富士門流に属し、同門流の5つの有力本山である富士五山（ふじござん）北山本門寺、西山本門寺、大石寺、小泉久遠寺、下条妙蓮寺のひとつに数えられていました。