1298年(永仁６年)に、日興上人が上野の地頭南条時光、北山の地頭石川孫三郎能忠の援助を得て開基しました。

北山本門寺は、重須本門寺とも称される日蓮宗の寺院で、日蓮上人の高弟六老僧である日興上人の法脈を継承した富士門流に属し、同門流の5つの有力本山である富士五山（ふじござん）北山本門寺、西山本門寺、大石寺、小泉久遠寺、下条妙蓮寺のひとつに数えられていました。

1344年（康永3年）に、日興上人の弟子日代上人が、西山の地頭大内安清から寺地の寄進を受けて、西山本門寺を建立したとされています。
全体で360町歩という広大な境内を有し、旧芝川町随一の歴史を今に伝える西山本門寺の本堂裏手には、織田信長の首塚があると伝えられています。

西山本門寺は単立の寺院で、日蓮上人の高弟六老僧である日興上人の法脈を継承した富士門流に属し、同門流の5つの有力本山である富士五山（ふじござん）北山本門寺、西山本門寺、大石寺、小泉久遠寺、下条妙蓮寺のひとつに数えられていました。